По завершении пострига владыка Игнатий обратился к монахам Мартиниану, Ферапонту и Алексию со словом назидания.
16-17 июня 2018 года состоялся Первосвятительский визит Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла в Вологодскую митрополию. В ходе визита Предстоятель Русской Православной Церкви посетил исторический Ферапонтов монастырь. Отвечая на вопрос журналиста о возможности возрождения в этих краях полноценной церковной жизни, Святейший Владыка подчеркнул:
Ферапонтов Белозерский Рождества Богородицы мужской монастырь основан на рубеже XIV-XV веков, в период расширения политического влияния Московского великого княжества, около 400 лет был одним из видных культурных и религиозных просветительных центров в Белозерском крае.
История Ферапонтова монастыря в некоторых узловых моментах соприкасается с важными историческими событиями эпохи становления Русского централизованного государства, тесно связана с основными историческими событиями, происходившими в Москве в XV-XVII веках: пленением и ослеплением великого князя Василия II Темного, утверждением власти первого «государя всея Руси» Ивана III, рождением и правлением первого русского царя Ивана IV, становлением династии Романовых, ссылкой Патриарха Никона.
Традиционно датой основания Ферапонтова монастыря считается 1398 г.
В это время на холме между двух озер, Бородаевским и Паским, отдельно поселяется сподвижник преподобного Кирилла Белозерского Ферапонт.
Спустя несколько лет, подчинившись настоянию белозерского князя Андрея Дмитриевича, Ферапонт ушел под Москву, в Можайск, и основал второй свой монастырь — Лужецкий.
Ферапонтов монастырь приобретает широкую известность благодаря деятельности ученика Кирилла Белозерского преподобного Мартиниана, духовника Василия II, бывшего в 1447-1455 гг. игуменом Троице-Сергиева монастыря.
Во второй половине XV — начале XVI века Ферапонтов монастырь стал значительным духовным, культурным и идеологическим центром Белозерья, одним из знаменитых заволжских монастырей, чьи старцы оказывали серьезное влияние на политику Москвы.
Наряду с Кирилло-Белозерским монастырем он становится традиционным местом поклонения и вкладов многих представителей русской феодальной знати (Андрей и Михаил Можайские, Василий III, Иван IV и другие). Из его стен на рубеже XV-XVI вв. вышли видные иерархи Русской Церкви, активно участвовавшие во внутренней жизни страны — архиепископ Ростовский и Ярославский Иоасаф (Оболенский), епископ Пермский и Вологодский Филофей, епископ Суздальский Ферапонт.
В то же время сюда ссылали крупных церковных деятелей, боровшихся за приоритет церковной власти в государстве (митрополит Спиридон-Савва, Патриарх Никон). Здесь работали книгописцы Мартиниан, Спиридон, Филофей, Паисий, Матфей, Ефросин, иконописец Дионисий.
Все XVI столетие является периодом расцвета монастыря. Об этом свидетельствуют сохранившиеся вкладные и жалованные грамоты светских и духовных властей, прежде всего Ивана IV. В монастырь на богомолье приезжают Василий III и Елена Глинская, Иван IV. Вкладная книга монастыря, начатая в 1534 г., называет среди вкладчиков «князей Старицких, Кубенских, Лыковых, Бельских, Шуйских, Воротынских … Годуновых, Шереметевых» и других. Здесь же упоминаются владыки Сибирские, Ростовские, Вологодские, Белозерские, Новгородские.
С обретением мощей преподобного Мартиниана и последующей его канонизацией возрастает внимание к монастырю, способствующее росту вкладов и доходов.
Богатейшему вотчиннику Белозерья — Ферапонтову монастырю в начале XVII в. принадлежало несколько сел, около 60 деревень, 100 пустошей, более 300 крестьян.
В 1490 г. с постройки ростовскими мастерами первого каменного храма Белозерья, собора Рождества Богородицы, началось формирование каменного ансамбля Ферапонтова монастыря XV -XVII вв.
В XVI в. в монастыре строятся монументальные церковь Благовещения с трапезной, казенная палата, служебные постройки — каменное сушило, гоственная палата, поваренная палата. Оправившись после литовского разорения, в середине XVII в. монастырь возводит надвратные церкви на святых вратах, церковь Мартиниана, колокольню.
В 1798 г. Ферапонтов монастырь был упразднен указом Синода.
В XIX в., в приходской период, сузившуюся монастырскую территорию обнесли каменной оградой.
В 1904 г. монастырь был возобновлен как женский, закрыт вновь в 1924 г.
